Vào một ngày tháng 12 lạnh giá, Kyon đến trường để chuẩn bị cho một chuyến đi chơi khác với các thành viên của Lữ đoàn SOS. Tuy nhiên, khiến anh ngạc nhiên, anh phát hiện ra rằng hầu như mọi thứ đã thay đổi hoàn toàn: Haruhi Suzumiya và Itsuki Koizumi không còn ở đâu cả; Mikuru Asahina hoàn toàn không nhận ra anh ta; Yuki Nagato là một con người bình thường; và Asakura Ryouko đã trở lại một cách bí ẩn.